Фамилия Агаханян имеет довольно разнообразное происхождение. Согласно исследованиям, далекий предок этой фамилии в 7% случаев был Балкарец, в 6% - Иранец, в 6% - Малкарец, в 5% - Абхазец, в 3% - Кабардинец, а в 2% относится к восточноазиатским областям. Однако, более 70% Агаханян имеют свои корни в Новой Каледонии, Македонии и Тайване.
Первое упоминание фамилии Агаханян было зафиксировано в городе Лозанна (Швейцария) в 1834 году, однако, прозвище Агаханя было уже известно ранее.
По мнению исследователей, происхождение фамилии связано с прозвищем предка - Агаханя. Однако, точные причины появления такого прозвища неизвестны. Вероятно, это было связано с какими-то особыми качествами предка, которые привлекли внимание его окружения.
Несмотря на разнообразное происхождение, фамилия Агаханян сегодня является достаточно распространенной. Ее представители можно встретить в разных уголках мира, а их деятельность охватывает различные области - от науки до искусства.