Ежегодно летом проводится шестидневная школа по биоинформатике, где сто студентов и аспирантов — биологов и программистов — погружаются в изучение основ биоинформатики по интенсивной программе.
В 2020 году Летняя школа, как и многие другие мероприятия, прошла онлайн и в сокращенном формате.
За три дня участники из разных городов России и ближнего зарубежья ознакомились с обзором тенденций биоинформатики, попробовали свои силы в программировании, поиске геномных ассоциаций и хемоинформатике.
Традиционно мы записали несколько лекций школы и делимся видео и слайдами.
Те, что отмечены звездочкой «*», можно просмотреть без подготовки.
Наслаждайтесь просмотром! 
1. *Биоинформатика в 2025 году: чего ожидать в ближайшие 5 лет? | Александр Предеус, Институт биоинформатики/Университет Ливерпуля видео Слайды
За последние 10 лет популярность геномной биоинформатики резко возросла, и она стала неотъемлемой частью практически всех наук о жизни.
Причиной этого являются революционные достижения в методах и снижение стоимости секвенирования ДНК.
Александр представил обзор прогресса в области секвенирования биоинформатики и рассказал о своем видении того, как она будет развиваться в ближайшие 5 лет и какие направления кажутся наиболее перспективными.
Лектор обсудил лонгридное секвенирование, расширение возможностей современной эпидемиологии и инфекционной медицины за счет геномных исследований, а также развитие одноклеточной транскриптомики.
2. *Введение в технологии секвенирования и форматы данных | Юрий Барбитов, Институт биоинформатики видео Слайды
Юрий показал принцип процесса секвенирования в современных устройствах, форматы хранения необработанных и предварительно обработанных данных секвенирования.
Отдельно лектор рассказал о том, как облачные технологии и платформы позволяют упростить работу с большими данными биоинформатики.
3. Вычислительные методы анализа данных масс-спектрометрии | Алексей Гуревич, Центр алгоритмической биотехнологии СПбГУ видео Слайды
Тандемная масс-спектрометрия — мощный аналитический инструмент, используемый в протеомике, биохимии, разработке лекарств и многих других областях.
Однако данные масс-спектрометрии намного сложнее, чем данные секвенирования следующего поколения (NGS).
Их анализ требует использования нетривиальных вычислительных методов.
В лекции рассматриваются основные понятия и принципы масс-спектрометрии.
Алексей рассказывает о том, какие вычислительные проблемы возникают при анализе данных масс-спектрометрии и как они решаются в современных программах биоинформатики.
4. Методы сравнительной геномики прокариот и их применение к задачам эволюционной биологии и биомедицины | Ольга Бочкарева, IST Austria видео Слайды
Ольга рассказала об основных эволюционных процессах, происходящих в геномах прокариот: гомологичной рекомбинации и горизонтальном переносе генов, а также о проблеме их влияния на фенотип.
Лектор рассмотрел ряд последних публикаций, в которых с помощью методов сравнительной геномики выявлены генетические факторы, формирующие новые фенотипические свойства возбудителей болезней человека.
5. *Публикации - что-где-когда | Олег Шпынов, JetBrains Research видео Слайды Лекция Олега посвящена тому, как люди работают с научными публикациями.
Лектор пытается дать ответы на волнующие многих вопросы: как найти важное, увидеть тенденции и можно ли заранее спрогнозировать успех статьи.
6. Практика в области хемоинформатики и дизайна малых молекул | Тимур Меджидов, КФУ, Казань и Павел Полищук, Университет Палацкого в Оломоуце, Чехия видео Слайды
Хемоинформатика применяет информационные технологии для решения химических проблем.
Цель и задача химии — в конечном итоге создать молекулы с желаемыми свойствами.
Одной из таких задач является создание лекарств в виде малых молекул с набором специфических параметров биоактивности.
В ходе урока преподаватели широко представили проблемы и достижения хемоинформатики.
И на практическом примере мы рассмотрели, как один из ее инструментов — фармакофорное моделирование — можно использовать для создания молекул с заданной биоактивностью.
Отдельно показано, как создавать модели фармакофоров, как их валидировать и как использовать для виртуального скрининга – поиска молекул с нужными свойствами.
Для тех, кто заинтересован
Школа 2020 прошла в условиях пандемии благодаря поддержке компании JetBrains , за что выражаем ей огромную благодарность! Летние школы по биоинформатике проводятся ежегодно с 2013 года.YouTube канал В открытом доступе опубликованы видеозаписи школ прошлых лет на самые разные темы.
Если в данных лекциях было мало примеров задач биоинформатики, то можно прочитать статья на Хабре об анализе данных ChIP-seq , написанная в результате семестрового проекта в Институте биоинформатики.
А для тех, кто хочет глубоких знаний, заявки открыты до 1 марта.
программа переподготовки по биоинформатике в Санкт-Петербурге или онлайн.
Скоро пройдут дни открытых дверей.
Мы надеемся провести полноценную летнюю школу 2021 в этом году и провести еще больше лекций!
До новых встреч и всех биоинформатиков!
Теги: #Популярная наука #Образовательный процесс в ИТ #Наука #Биотехнологии #летняя школа #биоинформатика #видеолекции #видеолекции #видеолекции #хемоинформатика #научно-популярные лекции #сравнительная геномика #масс-спектрометрия
-
Добро Пожаловать В Мир Интровертов
19 Oct, 24 -
Немного О Повторном Использовании Объектов
19 Oct, 24
