Фамилия Ягафов имеет интересное происхождение, связанное с древнееврейским именем Иаков. Вероятно, она является вариантом этого имени на чувашском языке. Имя Иаков, в свою очередь, является народной формой крестильного мужского личного имени Иаков, что означает "второй по рождению" на древнееврейском языке.
Иаков был известным библейским героем, младшим из двух сыновей-близнецов Исаака и Ревекки. Известно, что он выкупил у своего брата Исава право первородства за чечевичную похлёбку. А затем, используя хитрость, получил у своего отца Исаака благословение, предназначенное первородному сыну.
Иаков имел двенадцать сыновей от двух своих жён, Лии и Рахили, а также от двух наложниц, Зелфы и Баллы. ?ти сыновья стали родоначальниками двенадцати колен (племён) Израиля. В ходе борьбы с богом, Иаков получил второе имя - Израиль, что можно перевести как "он борется с Богом". Его сыновья стали называться "сыны Израиля".
С течением времени имя Ягаф, вероятно, было принято в качестве фамилии и далее эволюционировало в фамилию Ягафов. Таким образом, фамилия Ягафов связана с библейским персонажем Иаковом и его потомками, которые стали одними из основных представителей древнего народа Израиль.