Нет, повторно подавать заявку не нужно.
Регистр букв в номере паспорта не имеет значения.
Это следует из Стандарт ИКАО 9303-3 в котором есть это о символах, используемых в машиночитаемой зоне:
Печатные символы ограничены теми, которые определены на рисунке 4.
На рисунке 4 нет отдельных букв верхнего и нижнего регистра:
И 9303 часть 4 в котором говорится о проездных документах, номер паспорта должен находиться в машиносчитываемой зоне:
Таким образом, если бы было два паспорта с одинаковыми символами, кроме одного из них в нижнем регистре, а другого в верхнем регистре, это не было бы различимо для любых машинных считывателей, что явно неприемлемо. Возможно, вы видели, что когда пограничник сканирует ваш паспорт, смахивают только нижний край? Это МСЗ. Вот пример: