Вы используете Windows Phone 8.1? В этом случае вам необходимо переместить приложение WhatsApp с SD-карты в память телефона (новое обновление WhatsApp по какой-то причине не поддерживает SD-карту).
Для этого перейдите в: «Настройки» > «Контроль памяти» > «SD-карта» > «Приложения+игры» > Whatsapp > «Переместить на телефон».
Как только вы это сделаете, у вас не должно возникнуть проблем с обновлением :)