Вы можете хранить секретный файл в Jenkins и использовать его для развертывания. Этого можно достичь, используя Реквизиты для входа и Привязка учетных данных
withCredentials([file(credentialsId: 'env', variable: 'mySecretEnvFile')]){ sh 'cp $mySecretEnvFile $WORKSPACE' }