А смысл в поддиректории?
Второй движок, чтобы не было конфликтов, мне кажется, лучше ставить отдельно.
Вы же хотите привязать его к другой базе данных? На хостинге создаете папку для второго сайта, добавляете базу данных, привязываете поддомен и ставите ссылку на главной.
Ссылка будет вида "поддомен.ваш сайт.ру"
Ну а если всё же нужна поддиректория вида "ваш сайт.ру/поддиректория/", то добавляете нужную папку в корень вашего сайта и ставите туда второй движок.
Вот только будут ли конфликты на ВП - не знаю...