Фамилия Филоненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Филон. После 988 года каждый славянин во время официальной церемонии крещения получал от священника крестильное имя. Такое именование позволяло решать проблему идентификации и выделения конкретного человека из общества. Именно церковные имена стали активной базой для создания фамилий.
Крестильное мужское имя Филон в переводе с греческого означает «любящий». Однако не исключено, что Филон представляет собой стяженную форму имени Филимон, также связанного с глаголом «любить». Менее вероятно, что фамилия Филоненко образована от нарицательного «филон», то есть «лентяй». Вероятнее всего, образование фамилии Филоненко началось приблизительно в XIV веке, что обусловлено историческими процессами. С XVI столетия Украина тесно контактировала с европейскими народами, что могло внести свой вклад в формирование фамилии.
Фамилия Филоненко образовалась при помощи суффикса -енко. Первоначально этот суффикс имел значения "маленький", "молодой человек", "сын". Поэтому Филоненко буквально понималась как "сын Филона". Позднее древний суффикс -енко утратил свое прямое значение и сохранился лишь в качестве фамильного суффикса.
Таким образом, фамилия Филоненко имеет свое происхождение в украинской культуре и связана с крестильным именем Филон, которое в переводе означает "любящий". Образование фамилии началось примерно в XIV веке и было продолжено под влиянием исторических процессов и контактов Украины с европейскими народами. Суффикс -енко, добавленный к имени Филон, указывает на принадлежность к семье или происхождение от Филона.