Фамилия Трифоненко относится к распространенному типу украино-белорусских фамилий и образована от крестильного имени Трифон.
После 988 года каждый славянин во время официальной церемонии крещения получал от священника крестильное имя. Такое именование позволяло решать проблему идентификации и выделять конкретного человека из общества. Поэтому именно церковные имена стали активной базой для создания фамилий. Мужское крестильное имя Трифон в переводе с греческого означает "нежный". Одним из покровителей этого имени считается святой Трифон Фригийский, проповедовавший христианство и пострадавший за веру во время правления императора Гордиана (248-344). Святой Трифон считается покровителем виноделов. Скорее всего, основатель рода Трифоненко был представителем высшего сословия. Дело в том, что фамилии, образованные от полной формы имени, имели в основном социальную верхушку, знать или семьи, пользовавшиеся в данной местности большим авторитетом. Представителей этих сословий соседи уважительно звали полным именем, в отличие от других сословий, которые, как правило, были именованы уменьшительными или производными формами имен.
Вероятнее всего, образование фамилии Трифоненко началось приблизительно в XIV веке, что связано с историческими процессами. С XVI века Украина тесно контактировала с европейскими народами. Фамилия Трифоненко образовалась при помощи суффикса "-енко", который изначально имел значения "маленький", "молодой человек" или "сын". Поэтому Трифоненко буквально понималось как "сын Трифона". Позднее древний суффикс "-енко" утратил свое прямое значение и сохранился лишь в качестве фамильного.
Таким образом, фамилия Трифоненко имеет историческую связь с крестильным именем Трифон, которое было распространено в украино-белорусском регионе. Она указывает на возможное социальное положение представителей рода Трифоненко в прошлом и может быть связана с религиозными и культурными аспектами святого Трифона, покровителя виноделов.