Фамилия Амельяненко имеет древнюю историю, и ее происхождение связано с именем основателя рода. Согласно одной из версий, имя Амельян (Амелия) происходит от латинского Amellius – "желанный", "вызывающий любовь". ?та версия находит подтверждение в древних рукописях, где упомянуты такие имена как Амеля, Амая и т.д. Вторая версия происхождения фамилии не имеет исторического подтверждения и является не более чем фантазией.
В средние века в России и Польше появились множество фамилий, образованных от женских имен. Первой известной носительницей фамилии была жена боярского сына, очевидно, из рода Афанасия, Екатерина Всеволодовна Амельяновская, урожденная княжна Горлинская (ок. 1505–1533). Дочь Никиты Ивановича Амелянского Евфимия, монахиня Калязинского монастыря (постриглась 22.06.1604) Мария (умерла после 11.12.1636), дочь Акинфия Игнатьевича, монахиня Воскресенского Красного монастыря. Княгиня Катерина Яковлевна Львова (1710–1769), выдана замуж за князя Ивана Ивановича Львова, бывшего президента Ревизион-коллегии (годы работы 1754–1778); княжна Варвара Георгиевна Друцкая (урожд. Амелькович; ок. 1293–1342), жена князя Михаила Юрьевича Друцкого, у неё было двое сыновей Андрей и Фёдор. В этих случаях при оформлении паспорта приходилось вписывать новую фамилию с помощью особых помет, что давало основание для внесения так называемой профанации в документы (фамилия писцу вовсе не известна, имелось пометой "Амелево" или "Амеля"). Именно так появился Амелионович или Амелянович. Подобная практика в оформлении документов подтвердила распространенность фамилии у представителей русской аристократии. Таким образом, все свидетели дают возможность полагать, что фамилия Амельянко изначально являлась фамилией шляхты польского происхождения.